혐기성 미생물은 생육에 유리 산소(O2)를 필요로 하지 않는 미생물을 말한다. 산소에 대한 민감도에 따라 절대혐기성미생물과 통성혐기성미생물로 구분된다. 산소가 전혀 존재하지 않는 조건에서만 생활하며 산소가 조금이라도 존재하면 사멸하게 되는 것을 절대혐기성미생물이라 하고 산소의 존재 유무에 관계없이 자랄 수 있는 것을 통성혐기성미생물이라 한다.

혐기성 대사는 호기성 대사에 비해 에너지 효율이 나쁘고, 불완전한 산화물을 생성하기 때문에 식물의 뿌리에 나쁜 영향을 주는 저해 물질을 생성하는 경우가 많다. 토양 중에는 전체 세균 수의 약 10% 정도가 혐기성 세균이며 그 중 대부분은 통성혐기성균이다. 논토양은 밭토양에 비하여 탈질균, 황산환원균과 같은 혐기성균이 많다.
[네이버 지식백과] 혐기성미생물 [嫌氣性微生物, anaerobe] (토양사전, 2000. 10. 15., 류순호)